华润三九已经初步形成保证战略落地的运营管控架构，将原有多个法人单元整合成生产、研发三个业务中心，财务、人力资源、公共事务等9个职能管控中心和部门。与此同时，进一步深化组织变革，以客户为导向，从业务流程出发，打造营销、生产、研发和职能管理“四个平台”，提升客户价值，推动公司业务的持续稳定增长。

一是做减法，自2008年起，先后剥离了房地产、零售等非主营业务；二是做加法，通过外延式并购不断优化主业构成，先后收购了黄石、南昌、淮北等地的医药企业；2011年在华润医药集团推动下，整合了北药天然药事业部。2012年以来，华润三九聚焦OTC、www.999.com.cn/Default.aspx，中药处方药两大业务领域，积极打造“1+N”品牌线、强化终端覆盖、不断提升产品力。先后并购了广东顺峰、桂林天和、临清华威的股权，不断丰富产品线，拓展皮肤药、骨科药业务领域，进一步提升企业核心竞争力。华润三九(枣庄)药业有限公司，

华润三九先后多次荣获中国上市公司“金牛百强”、“价值百强”、“最具成长性上市公司”、中国最具竞争力医药上市公司20强、深报指数最佳投资者关系上市公司、深报指数绩优上市公司、深报指数行业领军奖、中国主板上市公司最佳董事会50强、中国最具成长性上市公司、“鹏城减废卓越企业”等称号，荣列首批AAA级中药企业排行榜榜首。2013年6月，2013年度中国非处方药生产企业综合统计排名发布，华润三九位居该排行榜榜首。

OTC核心产品在感冒、胃肠、皮肤和骨科用药市场占据了较高的市场份额；同时在中药注射剂行业享有较高声誉，拥有参附注射液、华蟾素等10多个中药注射剂品种。

华润三九实现营业收入78.02亿元，同比增长12.36%；实现归属于上市公司股东的净利润11.81亿元，同比增长15.67%；经营活动产生的现金流量净额14.67亿元，同比增长20.74%；三九胃泰、999感冒灵、999皮炎平、999小儿氨酚、999正天丸、999强力枇杷露、气滞胃痛颗粒、999参附注射液、999参麦注射液、舒血宁注射液、华蟾素、999新泰林（注射用五水头孢唑啉钠）、999中药配方颗粒等15个品种年销售均超过亿元人民币。其中，999感冒灵系列销量连续六年位居感冒药市场第一。

1999年4月21日，发起设立股份制公司。股票代码000999。公司于2007年11月底进入华润集团。公司名称由“三九医药股份有限公司”正式变更为“华润三九医药股份有限公司”。华润三九主要从事医药产品的研发、生产、销售及相关健康服务，是中国主板上市公司“价值百强”企业。