医院设有34个临床科室，20个医技科室，23个职能科室。医院现拥有省级医疗质量示范科室1个（血液内科），市级医疗质量示范科室4个（血液内科，消化内科，口腔科，普外二科），优质护理服务示范科室16个，口腔科是国家，省微笑列车工程定点科室。医院开展了多项国内先进水平的医疗技术，如开展的1，冠状动脉造影及支架放置术。2，心脏搭桥术。3，各种消化内镜诊疗技术。4，肠内，外营养技术。5，骨髓移植术，单克隆抗体临床应用。在许多疾病的诊治上达到了国内先进水平，如1，风湿疾病的诊断与治疗研究。2，肿瘤基因诊断及治疗。3，实施腹腔镜结肠癌根治。4，关节，骨创，脊柱外科手术。5，微创泌尿外科。6，大面积烧伤。7，电子鼻咽喉镜下，鼻咽，下咽，喉息肉及良性肿瘤的治疗和精确检查。8，实体肿瘤的治疗。9，难治性贫血，白血病，多发性骨髓瘤。10，神经介入治疗术。11，门静脉高压症及脾脏疾病的治疗。12，髂（肋）骨移植治疗下颌骨肿瘤及缺损。13，头皮冠状切口治疗颌面部复杂骨折。14，微创治疗下颌骨骨折。15，各种乳腺疾病，糖尿病合并症等医院开放床位1300张，年门急诊量70余万人次，年住院病人4。7万余人次，年手术1。2万余人次。现有职工1620人，其中副高级以上专业技术职称人员234人，中级职称553人，博士，硕士研究生220人，有2名专家成为全国专业技术委员会委员，60名专家成为全省专业技术委员会委员，其中3人为全省专业技术委员会副主任委员，有43名专家成为全市专业技术委员会主任委员，有8名专家成为解放军进修学院，山东大学医学院，泰山医学院硕士研究生导师，有11名专家成为菏泽市专业技术拔尖人才，有317名主任，副主任医师被济宁医学院，泰山医学院，菏泽医专等高等院校聘为兼职教授和副教授，享受国务院特殊津贴者2人。医院正在按三甲医院标准，规划建设20万平方米的门，急诊，医技，科研，病房综合大楼，力争用五年的时间医疗用房达到25万平方米，开放床位增加到3000张