2000年至2010年十年间，医院共获得科研经费4332。7887万元，各类科研课题729项，其中国家级科研课题43项，省部级科研课题97项，国际合作课题5项，共获得科技奖励65项，其中宋庆龄儿科医学奖1项，浙江省科技进步一等奖1项，二等奖9项，三等奖15项。2004年至2010年浙医儿院被SCI收录论文保持全国儿童医院前茅。2005年，医院创办了国际性全英文儿科学专业期刊WorldJournalofPediatrics，填补了国内儿科学界的空白，创刊三年便先后被ChemicalAbstracts，SCI-Expanded和MEDLINE/PubMed等国际多家权威数据库收录，现影响因子为0。945，在被SCI收医疗网站，浙江大学医学院附属儿童医院，www.zjuch.cn，经过六十年的精心建设，医院学科水平，临床业务能力及综合实力均处于全国儿童医院前列，现儿科学为国家重点学科，儿科重症专业，新生儿专业，小儿消化专业，小儿呼吸专业为国家临床重点专科，新生儿专业，心胸外科专业，血液肿瘤专业，儿童保健专业，小儿围手术期医学，青春期医学为省医学重点学科，并拥有教育部重点实验室（浙江大学生殖遗传教育部重点实验室）（共建），省重点实验室（新生儿疾病防治重点实验室），省重点创新团队（儿童出生缺陷早期筛查与干预技术创新团队），省重点学科群（新生儿与围产医学）。医院是浙江省新生儿疾病防治中心，浙江省小儿心血管疾病防治中心，浙江省新生儿疾病筛查中心，浙江省基因诊断中心，浙江省听力筛查管理中心所在地，儿科学硕士学位授予点，博士学位授予点和博士后流动站。医院还被国家食品药品监督管理局认定为药物临床试验机构，包括小儿消化，小儿呼吸，小儿心脏病，小儿肾病，小儿血液病，小儿神经病学，小儿内分泌，儿童保健，小儿重症医学，小儿麻醉10个专业的药物临床试验资格获得认定