2002年整个园区进行了升级改造，建设了中国牡丹博物馆（国花馆），菏山流霞，牡丹花色圃，牡丹花型圃，牡丹品种资源圃，芍药花色圃，十二花神雕塑，花海群芳，雷泽湖，文化柱石，九色春晖，花神庙等三十余个突出牡丹特色，文化内涵丰富，颇具观赏品味的景点。园内已是山水相连，古木参天，常年处处有景观。每年逢谷雨前后园内花海人潮十分壮观。成为山东济南观泉，泰山揽胜，曲阜怀古，菏泽赏花黄金旅游线路的重要一环，连接齐鲁文化与中外文化旅游的重要驿站。2005年被评为全国农业旅游示范点及山东省农业旅游示范点，2008年5月，被省评为AAA级旅游景区。以曹州牡丹园为中心，并辐射周边十五万亩的牡丹芍药种植面积，使菏泽成为驰名中外的中国牡丹城世界最大的牡丹园曹州牡丹园。曹州牡丹园是中国乃至世界上面积最大的牡丹主题公园。它始建于明代，1982年重建，面积1200亩，拥有牡丹九大色系，十大花型，牡丹品种1000多个，芍药品种近千种。曹州牡丹园集牡丹，芍药的生产，科研，销售于一体，拥有科研成果近百项，曾代表国家参加法国波尔多国际花卉博览会和99昆明世界园艺博览会，并获大奖，被国家指定为国家级牡丹，芍药标准化示范园区，863计划菏泽科研育种基地