建校以来，市委党校始终围绕党的中心任务组织开展教学工作，根据不同时期，不同历史阶段，安排教学内容，教学重点，提出教学要求。1949年7月，市委党训班成立后，组织地下党员培训，并承担了大规模吸收青年干部的培训任务。1953年9月到1956年8月，重点培训基层党员和领导干部。从1959年9月起，开办领导干部自修读书班。文革时期，党校改为五。七干校，先后多次变更校址，干部培训工作受到了极大影响。1977年4月，市委决定将五。七干校重新改为市委党校，并恢复办学政府网站，中共南京市委党校，www.njdx.gov.cn，中共南京市委党校的前身为市委党训班，成立于1949年7月。1950年8月改为市委党校。1951年7月市委党校与原华东人民革命大学南京分校合并，改称南京市干部学校。1953年苏南，苏北与南京市合并建立江苏省后，原南京市干部学校改为中共江苏省委党校，南京市重建干部学校，1954年10月改称市委党校。文革期间，党校停办。1975年3月市委决定由党校的工作班子建立南京市五七干校。1977年4月市五七干校撤销，恢复中共南京市委党校，校址在石门坎镇联合村1号。1984年市委决定将市委党校搬回白下路257号原址。1993年4月，经市委，市政府批准成立南京市行政学院，与市委党校实行两块牌子一套班子。1987年初团校恢复，建在党校内，2006年9月正式并入党校