学院坚持党的教育方针，坚持社会主义办学方向，坚持以公务员培训，企业经营管理者培训为重点，以学历教育为基础，直接为我省经济建设服务，培养具有创新精神和实践能力的，能适应社会主义市场经济需要的复合型，应用型公共管理与经济管理人才。两院现设有经济管理系，经济贸易系，财会金融系，政治法律系，信息管理系，公务员培训部，经济管理培训部，继续教育中心，行政管理科学研究所和经济管理科学研究所等教学，科研机构，先后开设了大学本科起点的工业企业管理专业高级研究班，大专起点的工商企业管理，经济法专业本科班和企业生产经营管理，工商管理，质量与经营，营销与财务管理，国际商务，证券投资，财务会计，物业管理，电子商务，连锁经营，金融理财，经济贸易，文秘与办公自动化，计算机与信息管理，律师实务，行政管理，工商行政管理，经济法等30多个专业大专层次的成人班及相应专业的高等职业技术教育普通班。1998年经国家教委批准，学院又成为全国首批举办专科函授教育的１２所成人高校之一，开办了经济管理，会计学两个专业的专科函授。此外，自1989年起，学院还与江西师范大学联合招收了西方管理哲学硕士研究生（教学点设在我院），1993年，与英国Strathclyde大学建立了教学，科研的合作关系，1999年7月与厦门大学签订两校合作办学协议，进一步加强与国内大学的学术交流两院承担着全省副县处级至副厅级公务员的培训任务，承担着大中型企业经营管理者和企业家队伍的培训任务，以及公共管理，经济管理类大专，本科的学历教育，高等职业技术教育和大学后继续教育的任务，是我省公务员培训的最高学府和大中型企业经营管理者的培训基地。福建行政学院和各地市九个分院形成了覆盖全省的公务员培训网络，建院以来，共培养了硕士研究生，大学本科生，专科生计6000多名，培训公务员3000多人次，培训企业经营管理者3万多人次。学历教育的毕业生大都成为我省企业管理骨干，为建立现代企业制度，提高企业经济效益作出了积极的贡献。1991年福建经济管理干部学院被国家人事部，国务院生产委员会，国家教委等七个部委评为全国职工教育先进单位，1992年被国家教委评为全国成人高等教育先进学校，1997年被国家教委评为全国成人高等教育评估优秀学校，1999年又被国家经贸委评为工商管理质量培训评估优秀单位