医学图书馆文献资源与北京大学各附属医院图书馆文献资源协调配套，共同形成全校医，教，研工作所需的医药卫生文献保障系统。图书馆特藏有珍，善本古代图书，其中有中国大陆唯一珍善本手抄本《太平圣惠方》一部十函共100卷100册。教育网站，北京大学医学图书馆首页，library.bjmu.edu.cn，图书馆收藏有中外文纸本期刊近4000种，其中中外文现刊1000余种。目前我馆有电子期刊10000余种，其中生物医学类电子期刊5000余种。为方便读者，除特藏书外，各阅览室和书库均实行全方位的开架服务。除书本式藏书外，图书馆还收藏有其它多种类型载体的文献资料，如磁带，录像带，缩微平片，多媒体光盘等。近年来不断引进多种光盘数据库及网上数据库供读者检索使用。