不同于马士基等以集装箱运输为主的海运公司，商船三井的经营范围涉及到各个船种。截止到2008年3月底，共计拥有各类商船845只，5，434万重量吨，是世界最大的船队。同时商船三井拥有业界第一位的LNG船队，以及强大的干散货船和汽车滚装船，而集装箱运输领域则居世界10名左右。在2008年财富世界500强排名中，商船三井与马士基，日本邮船及中远集团作为仅有的四家国际航运企业入选。商船三井与日本邮船及川崎汽船并称为日本三大海运公司，以纯利润及市价总值计算居日本第一位，而销售额则仅次于日本邮船。商船三井是三井集团的三井船舶与住友集团的大坂商船合并而成的，合并后公司名称为大坂商船三井船舶，在1999年，与三和银行（今三菱东京UFJ银行）旗下的公司合并，并改为现今的公司名称。商船三井的货柜是以鳄鱼扛货柜为标志，是个明显又有趣的特征。