元成宗元贞元年（1295），始称玄妙观。至正二十六年至二十七年，玄妙观又一次受到战乱的破坏，幸未全毁。明洪武年间（13681398）朱元璋整顿宗教，赐封苏州玄妙观为正一丛林，设管理道教事务的机构道纪司于观内。千年古观不仅是苏州道教的主要活动中心，而且也成为地方政府司仪，祝厘的场所，充分显示了玄妙观在苏州政治和社会生活中的重要作用。历史沿革玄妙观创建于西晋咸宁二年（276），初名真庆道院。东晋太宁二年（324），敕改上真道院。唐开元二年（714），更名开元宫，赐内帑重修。大顺元年（890）遭受兵火，仅存山门，正殿，北宋至道年间（995997），改为玉清道院。大中祥符二年（1009），诏改天庆观额，赐帑建东西南北四庑，新修东西墙垣，由专业画师画成三天天宫胜景巨幅壁画。宣和七年（1125），宋徽宗赵佶敕赐香火田五十顷。南宋建炎四年（1130），毁于兵火。绍兴十六年（1146）至淳熙六年（1179），苏州地方官王唤，陈岘，赵伯肃先后主持修复重建