学校设有农学院，工学院，植物保护学院，资源与环境科学学院，园艺学院，动物科学技术学院（含渔业学院），动物医学院，食品科学技术学院，经济管理学院，公共管理学院（含土地管理学院），人文社会科学学院，生命科学学院，理学院，信息科学技术学院，外国语学院，国际教育学院等16个学院。设有60个本科专业，157个硕士学科专业，77个博士学科专业和13个博士后流动站。现有各类在校生32000余人，其中全日制本科生17000余人，研究生8000余人。现有教职员工2732人，其中，博士生导师300余人，中国工程院院士2名，国家及部级有突出贡献中青年专家37人，长江学者和千人计划等特聘教授4人，国家教学名师2人，获国家杰出青年科学基金9人，入选国家各类人才工程和人才计划75人南京农业大学前身可溯源至1902年三江师范学堂农业博物科和1914年金陵大学农学本科。1952年，全国高校院系调整，由金陵大学农学院和中央大学农学院以及浙江大学农学院部分系科合并成立南京农学院。1963年被确定为全国两所重点农业高校之一。1972年学校搬迁至扬州，与苏北农学院合并成立江苏农学院。1979年迁回南京，恢复南京农学院。1984年更名为南京农业大学。2000年由农业部独立建制划转教育部