学校设有机械工程学院，化工学院，电子工程与光电技术学院，计算机科学与技术学院，经济管理学院，能源与动力工程学院，自动化学院，理学院，外国语学院，人文与社会科学学院，材料科学与工程学院，环境与生物工程学院，设计艺术与传媒学院等13个专业学院，建有研究生院，继续教育学院，国际教育学院，并与合作方联合创办了南京理工大学紫金学院和南京理工大学泰州科技学院两个独立学院。学校现有2个一级学科国家重点学科，4个二级学科国家重点学科(国家重点学科覆盖的二级学科达9个)，26个省部级重点学科，9个国家级特色专业，30个江苏省品牌特色专业（含建设点），4个国防重点建设专业，4个国防特色紧缺专业，13个一级学科博士后流动站，15个一级学科博士学位点，116个硕士点，以及分布于工，理，文，经，管，法6个学科门类的67个本科专业，此外还具有EMBA（高层次管理人员工商管理硕士），MBA（工商管理硕士），MPA（公共管理硕士）和工程硕士学位授予权，并具有外国留学生和港澳台学生的招生权，现有各类在籍生3万余人学校北依紫金山，西临明城墙，校园占地3118亩。校园内曲塘潋滟，佳木葱茏，碧草如茵，景色宜人，与中山陵风景区浑然一体，是修身治学的理想园地。校舍建筑总面积88。6万平方米，固定资产总值21。5亿元，各类基础设施齐全，后勤服务系统完善。现有实验室59个，各类教学科研仪器设备7。2亿元，图书馆藏有中外文图书文献200万余册