南京大学研究生教育围绕南京大学创建世界一流大学的总体目标、积极开拓研究生培养和合作科研的渠道。学校创建了中美文化研究中心、中德经济法研究所、中日文 化研究中心等机构，与国外著名大学共同培养研究生。近年来，南京大学在研究生招生、培养、学位授予、非学历教育、思想教育管理等方面积极改革，努力创新，明确了以创新能力培养为基点，全面提高培养质量的指导思想，重点突出培养机制的系统性和前瞻性、培养平台的开放性和互动性，以自主科研项目为牵引，构建跨学科研究平台，提升博士生科研创新能力；以国际交流项目为纽带，打造国际学术交流平台，提升博士生学术起点；以优博论文培育项目为动力，构建优秀人才培育平台，提高博士论文质量。通过这些举措，南京大学在研究生培养方面取得了可喜成绩。南京大学研究生院在2000年、2004年、2007年连续三届获得江苏省高等教育教学成果一等奖；在《中华人民共和国学位条例》颁布十周年之际，由南京大学培养的20名毕业生被国务院、教育部授予 “在工作中做出突出贡献的中国博士、硕士学位获得者 ”的光荣称号；南京大学有37位博士的学位论文入选 “全国优秀博士学位论文 ”、44位博士的学位论文入选 “全国优秀博士学位论文提名论文 ”；南京大学有25部教材由教育部及国务院学位委员会办公室推荐为 “全国研究生教学用书 ”。

目前全校共有博士后流动站28个、博士学位授权一级学科40个、博士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）3个、专业博士学位授权点1个、硕士学位授权一级学科18个、硕士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）9个、专业学位授权点21个。现有国家实验室（筹）1个，国家重点实验室7个，教育部重点实验室9个，江苏省重点（工程）实验室7个，国家工程技术研究中心1个，省部级工程中心14个，一级学科国家重点学科8个、二级学科国家重点学科13个、国家重点（培育）学科6个（世界经济、中国近现代史、经济法学、大气物理学与大气环境、水文学与水资源、环境工程）、江苏高校优势学科建设工程一期项目立项学科19个、 “十二五 ”期间江苏省一级学科重点学科10个、国家基础学科人才培养基地12个，国家生命科学与技术人才培养基地1个，教育部人文社会科学重点研究基地4个，他们为南京大学研究生教育提供了坚实基础。