图书馆馆藏建设及读者服务方面的特色主要包括为：

上海交通大学医学院图书馆前身是 1952 年全国高等医学院校院系调整时，以原震旦医学院、圣约翰医学院和同德医学院的图书馆医学书刊为基础组建而成的原上海第二医科大学图书馆。并在两校合并后，正式命名为上海交通大学医学院图书馆，同时也称为上海交通大学图书馆医学馆。

图书馆曾在国内率先引进 Medline 、Embase 、Biosis Preview 、OVID 、Micromedex 、Karger 、Informa 、Lab Protocol 、Best Practice 等医学文献数据库系统，内容涉及医学临床、医学基础、药学及循证医学各领域。

作为全国法文医学文献特藏中心，图书馆长期以来一直重视法语信息资源的建设，目前不仅保存大量有价值的医学法语历史文献，还与法国虚拟医学大学（ UMVF ）合作，引进了该校网上教学资源等多种法语信息资源。自 2005 年起，图书馆还建立了法语信息中心，进一步推进了法语及法国医学文献的馆藏建设。

医学馆将以用户为中心，以融入教学、融入科研、融入文化为工作主线，全面展开个性化，多方位的医学信息服务，建成了符合医学院发展需求，布局合理，多载体的医学信息资源体系和服务体系。

国际资源整合联盟中国地区培训中心和全国健康信息素养培育创新项目联盟单位等。

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