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该所目前是世界上规模最大的海洋研究所。斯克里普斯海洋研究所下设海洋地质、海洋生物和大洋3个研究部，海洋物理、能见度和生理研究  3个实验室，还有海岸研究中心，海洋生命研究组，以及供博士学位教学用的研究生院。拥有5艘海洋学研究船，2个研究平台，多用途的岸上和船上计算机系统和海洋专业图书馆，以及 “深海钻探计划 ”岩心总库和供免费参观的水族馆等。斯克里普斯海洋研究所的课题涉及海-气相互作用，深海锰结核的形成及其开采，海岸侵蚀，污染对海洋生态系的影响，以及包括板块构造和海底扩张在内的大洋地质演化史等  200多项。