根据作为有马温泉的守护神而名气很大的汤泉神社的起源记载，最早发现泉眼的是远古时代的大已贵命和少彦名命二柱神仙。据传此二神造访有马时，见到三只受伤的乌鸦在一水洼洗浴，数日后其伤竟不治自愈。此水洼就是温泉。

有马是日本最古老的温泉。自远古时代、即人们尚未掌握掘土挖地技术时代起便有了承受着大地的恩惠而喷涌不止的自然温泉。在技术发达的今天，则采用浅处(300m之内)吸泉的方式，充分积蓄发扬大自然的恩宠(即温泉的有效成份)，向人们提供着高质温泉。

另据释日本纪的记载，孝德天皇也同样喜好有马温泉。其有大化革新2年后的大化3(647)年10月11日至除夕的82天，天皇带以左大臣(阿部仓梯磨)、右大臣(苏我石川磨)为首的一干要臣来此居住的记载。

有马温泉被广泛知道是第34代舒明天皇(593~641年)、第36代孝德天皇(596~654年)时期开始的。因二天皇巡行而知名。据日本__「舒明记」记载有马温泉被广泛知道是第34代舒明天皇(593~641年)、第36代孝德天皇(596~654年)时期开始的。因二天皇巡行而知名。据日本__「舒明记」记载，舒明3(631)年9月19日至12月13日的86天，舒明天皇驾幸摄津国有马(原文为有间)温汤、入浴而大喜。就是很好的例证。

据传行基为此感叹不已，便书写了如法经埋于泉底，又命人雕刻等身药师如来之像，建一殿堂，置像于堂。这便是后来所说的药师如来感念行基之德，再开温泉，使行基构筑了有马发展的基础的故事的由来。不管故事是真是假，自行基在此建堂以来的约370年间，有马一直呈现一片繁荣景象却是事实。

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行基在大坂平原之北、伊丹的昆阳挖建大池(昆阳池)的时候，遇见一人。其人伏地求曰：「我身上长了个恶物，几年来为此痛苦不已。听说有马山里有一温泉，对治疗此病大有好处，敢情高僧带我去去如何?」行基感其哀怜，便应其要求，带其去了有马，又一一满足了其这样那样的各种祈望。这时，其人突然不可思议地变成一金色佛身，驾着紫云朝东方飞奔而去。

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