现建有国家重大科学工程2个（农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程，国家农业生物安全科学中心）；国家重点实验室5个，农业部重点开放实验室32个；国家野外台站5个，农业部野外台站24个；国家工程技术研究中心5个，国家工程实验室和工程研究中心5个；国家农作物畜禽改良中心15个、分中心1个；国家及部级质检中心40个；国家农作物种质资源长期库1座、中期库10座、国家农作物种质圃12个。长期保存作物品种资源39.2万份，居世界前列；国家农业图书馆馆藏亚洲第一、世界第三。

现有直属研究所31个，其中13个设在北京，其余18个分布在全国14个省、市、自治区，加上院部、研究生院和出版社，共34个直属单位。还有与其他省或科研教学单位共建的研究所8个，分布于5个省（自治区）。

2001年以来，围绕 “三个中心、一个基地 ”和九大学科群建设，中国农业科学院各项工作取得了较大的成绩。

与此同时，根据现代农业发展的需要和国际农业科技前沿，确定了新阶段优先建设的九大学科群及其41个一级学科、173个二级学科。九大学科群即：作物科学、畜牧兽医科学、应用农业微生物学、农业资源与环境学、食品科学与工程、农业质量标准与检测、农业信息、农业经济与科技发展、农业工程学。

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