克罗地亚航空于1989年7月20日以萨格勒布航空之名成立，用一架塞斯纳C-402替UPS运输货物。在克罗地亚的首次民主选举后，萨格勒布航空于1990年7月23日更名为克罗地亚航空。1991年克罗地亚航空与亚德里亚航空达成协议，租用一架MD-82执行国内航线萨格勒布至斯普利特。由于与军事空域的冲突和空域关闭，很快地克罗地亚航空被迫停止营运。复航后，克罗地亚从汉莎航空取得3架波音737及成为国际航空运输协会的成员，同时亦开始了首条国际航线往法兰克福。

克罗地亚航空经营国内外航线超过20年，连接了克罗地亚和欧洲的各主要目的地。克罗地亚航空致力于为其乘客提供高质量服务和高度的安全保障。公司拥有各种现代化机型，这些现代化机型帮助克罗地亚航空公司合理安排飞行日程以满足乘客需求。通过在空中与地面建立专业的人员及服务促进系统，克罗地亚航空希望多方面满足乘客需求而不仅是提供舒适飞行。在与航空合作伙伴及非航空合作伙伴的合作运营中，作为星盟成员，克罗地亚航空为其乘客的商务或私人旅行增添更多可能，以使乘客的旅行变得更加轻松。选择克罗地亚航空、享受一段美妙旅程是选择来到这个美丽国度的另一原因。同时，这些也为克罗地亚旅游业及经济的发展做出贡献。克罗地亚航空希望成为一家中等规模的现代航空公司并以安全性高、准时及较高的客户满意度为大家所熟知。