我院坚持以应用研究和开发研究为主，适当开展基础研究，建立了作物育种、园艺科学、农业微生物、农业生态、动物传染病、基础生物学、植物保护、农产品加工、农村区域经济、食用菌等10个创新团队，着力提高科技创新能力。在水稻育种（超级稻、转基因水稻）、果树育种（枇杷、龙眼）、畜禽疫苗（番鸭细小病毒病）、水产病害（欧鳗小瓜虫）、生物农药（生物杀菌剂-ANTI8098A和生物杀虫剂-BtA）、植物病虫防治（捕食螨、柑桔黄龙病）、农业生态（红萍资源）等方面研究居世界先进水平。

拥有国家水稻改良中心福州分中心等3个国家级重点实验室（中心），福建省精密仪器农业测试重点实验室等6个省级重点实验室，福建省畜禽疫病防治工程技术研究中心等12个省级工程（技术）研究中心；建有国家龙眼-枇杷资源圃、福建省农业科研野外观察站等8个国家和省级资源圃和野外观察站。全院共有142多公顷实验场（圃），保存珍贵作物种质资源13000多份。

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