宋代法门寺承袭了唐代皇家寺院之宏阔气势，被恢复到最大规模，当时仅二十四院之一的“浴室院”即可日浴千人。宋徽宗曾手书“皇帝佛国”四字于山门之上。金元之际，法门寺仍是关中名刹，“藏经碑”中有寺僧抄写大藏经5000卷之记载。金人也刻“诗碑”盛赞其寺塔：“三级风檐压鲁地，九盘轮相壮秦川”。明清以后，法门寺逐渐衰落。明隆庆三年（1569），历经数百年历史的唐代四级木塔崩塌。明神宗万历七年（1579），地方绅士杨禹臣、党万良等捐资修塔，历时30年建成八棱十三级砖塔，高四十七米，极为壮观。清顺治十一年（1654）因地震塔体倾斜裂缝。民国二十八年（1939）在爱国志士朱子桥先生的主持下，完成了晚明以来最大规模的维修。文革期间，红卫兵欲挖地开塔，良卿法师点火自焚，用自己的生命保护了塔下珍宝。

法门寺因舍利而置塔，因塔而建寺，原名阿育王寺。释迦牟尼佛灭度后，遗体火化结成舍利。公元前三世纪，阿育王统一印度后，为弘扬佛法，将佛的舍利分成八万四千份，使诸鬼神于南阎浮提，分送世界各国建塔供奉。中国有十九处，法门寺为第五处。公元558年，北魏皇室后裔拓跋育曾扩建，并于元魏二年（494年）首次开塔瞻礼舍利。隋文帝开皇三年（583）改称“成实道场”，仁寿二年（602年）右内史李敏二次开塔瞻礼。 唐高祖李渊武德七年（625年）敕建并改名“法门寺”。唐贞观年间曾三次开塔就地瞻礼舍利。原塔俗名“圣冢”，后改建成四级木塔。高宗显庆年间修成瑰琳宫二十四院，建筑极为壮观。

2004年1月16日法门寺两序大众礼请中國佛教协會副会长兼秘书长学诚大和尚荣膺住持。大和尚住持法门寺以来，不断加强信仰、道风、组织、人才、教制等五项建设，大力创办教育，培育僧才，安居、诵戒，进一步完善了寺院各项管理制度。谱写出住持正法、续佛命脉的新篇章。现常住僧众230余人，法门寺正在展现昔日“皇家寺院”的风采，同时也为世界佛教“朝圣中心”这一宏伟的目标而精进不懈。

1994年应泰国僧王邀请，佛指舍利在泰国瞻礼供奉。2002年应台湾星云大师等邀请，佛指舍利到台湾瞻礼供奉。2004年应香港佛教领袖觉光长老等邀请，佛指舍利在香港瞻礼供奉。盛况空前、影响极大。法门寺开放以来，先后接待了**、江泽民、吴邦国、__、贾庆林、曾庆红、吴官正、华国锋、乔石、李瑞环、钱其琛、李铁映、迟浩田、傅全有、张万年、习仲勋、姜春云、邹家华、田纪云、陈锦华、王光英、赵朴初、班禅大师等党和__人，外国元首，驻华大使及诸多佛教团体前来瞻仰礼拜。

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