医院临床、医技科室齐全，在免疫内科、呼吸内科、心血管内科、肾脏内科、泌尿外科、内分泌科、骨科、耳鼻喉科、影像介入科、普外科、胸心血管外科、妇产科和眼科等专科尤为专长，其中自身免疫病的诊断和治疗、腹部介入超声、呼吸介入技术、心血管超声诊断技术、微创外科技术达到省内领先或国内先进水平。医院拥有核磁共振成像系统（MRI）、数字减影血管造影机(DSA)、螺旋CT、数字化胃肠造影机、流式细胞仪、PCR仪、彩色多普勒超声心动图、腹部彩色超声波、血液透析机、体外循环机、电子直线加速器、数字高频摄片机、骨密度仪、乳腺钼靶、体外震波碎石机、神经电生理检查仪、电子胃镜、电子肠镜、电子支气管镜等先进仪器设备。优秀的人才、精良的设备和完备的医学专科为广大民众提供了全方位的医疗、保健服务，医院目前年门诊量超70万人次、住院量3万多人次、完成各类手术1.6万余台。

医院倡导科学精神与人文精神相结合的治院方略，历来以外科技术精湛著称，上世纪四、五十年代率先在泉州地区开展大、中型外科手术，并为泉州地区培养了大批医学骨干力量。近二十年来，内科领域在相关学科带头人开拓领导下，学科建设长足发展，多个二级专业跃入省内先进水平，其中自身免疫风湿病专业省内领先。现任院长是我省自身免疫风湿病学科带头人、博士生导师、国家卫生部有突出贡献中青年专家。

1981年，经省政府批准，医院在本省率先建立华侨门诊、华侨病区。二十多年来接受大量来自美国、日本、新加坡、菲律宾、印度尼西亚、香港、台湾及其他东南亚地区的病人。爱国侨胞热心桑梓、慷慨解囊为医院的建设作出了积极的贡献。福建医科大学附属第二医院 历任领导及全体同仁都非常珍视广大侨胞及社会各界对该医院的关爱及支持。

医院还依托自身免疫病研究室、介入超声研究室、肝胆研究二室、耳鼻喉研究三室、手外科研究室、糖尿病研究室、肾病研究室、骨科生物力学研究室、睡眠呼吸研究室等9个研究室和科研中心，倡导 “创新、求实、严谨、规范 ”实验室室训，大力开展医学科学研究，1997年以来共有59项科研成果获得医学科学技术进步奖，173项研究项目得到政府或研究基金的资助。

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