医院配备有各种先进医疗仪器设备，总值超过4000万元，主要由螺旋CT、双能X线骨密度仪（DEXA）、大型X光机、彩色多普勒B超机、酶标仪、全自动生化分析仪、PCR、动态心电图、心电监护仪等。中心实验室拥有的先进仪器能开展细胞学、组织免疫、组织化学、分子生物学、基因水平等检测。

医院设有广州中医药研究院骨伤科研究所、广东省中医骨质疏松病专病治疗中心、国家药物临床试验研究(GCP中心）、广州中医药大学骨质疏松中心、广州中医药大学股骨头坏死防治中心等，是广州中医药大学国家级重点学科和省级重点学科 “中医骨伤科学 ”的重要组成部分，是广州中医药大学博士后流动站和博士、硕士研究生培养基地之一，现承担多项国家及省市级科研课题。

由于广州中医药大学没有履行《关于合作组建广州中医药大学第三附属医院协议书》的义务，在获得93亩建院土地后，没有按协议筹措资金，至使第三附属医院总院建设停滞，九十余亩土地被荒废；芳村中医院转编遥遥无期，并失去应有的财政核补待遇。