为增强淮河流域防灾减灾气象服务能力，满足淮河流域防灾减灾、防汛抗旱重大决策服务以及淮河流域水资源综合开发利用的需求，2004年2月，安徽省气象局、蚌埠市委市政府和淮河水利委员会共同提出在蚌埠组建淮河流域气象中心的设想。

与淮河流域气象中心同时成立了淮河流域气象业务服务协调委员会，负责协调流域内的气象业务服务工作。协调委员会主任由安徽省气象局局长兼任，中国气象局**减灾司、监测网络司以及国家气象中心、中国气象局气象信息中心，安徽省气象局、河南省气象局、江苏省气象局、山东省气象局各有1名负责人为成员。协调委员会下设办公室，与淮河流域气象中心实行一个机构、两块牌子。

2005年3月15日，中国气象局正式批准成立淮河流域气象中心。5月18日，中国气象局许小锋副局长和安徽省政府赵树丛副省长为淮河流域中心揭牌，并召开了流域中心协调委员会第一次会议。2005年6月1日，淮河流域中心投入业务试运行。

蚌埠市政府多次召开气象工作专题办公会议，对淮河流域气象中心的建设给予大力支持。淮河水利委员会先后两次致函中国气象局表示对淮河流域气象中心建设给予支持。