1980年被确认为世界卫生组织疟疾、血吸虫病和丝虫病合作中心。1992年被批准为卫生部寄生虫病学重点实验室的依托单位。1996年被卫生部批准为 “全国医学贝类中心 ”，同年获美国NIH资助为 “热带医学研究中心 ”。

全所现有职工188名，其中科技人员156名，科技人员中具有高级专业技术职称者56名。曾获世界卫生组织(WHO)、国际合作项目及其他渠道资助出国留学、进修、培训的30名回国人员，正在发挥学术带头人或科技骨干的作用。

目前在研的重大研究项目保持在20余项，均为国家与部级重点或国际合作项目，其中血吸虫病、疟疾约占70%；应用研究占80%以上。

根据防治需要，应用流行病学、病原与媒介生物学、病理学、免疫学、分子生物学、生物化学、药学及药理学等多学科研究手段和现代技术，开展疟疾、血吸虫病、丝虫病、包虫病、黑热病、食源性和土源性等重要寄生虫病的流行特点、传播规律、防治策略、控制与监测、免疫诊断技术、基因工程疫苗、防治药物等应用研究以及寄生虫与媒介的遗传变异、种群分化、宿主免疫、药物作用机制等寄生虫学基础研究。

本所承担了寄生虫病预防控制及科学技术信息的交流职能。主办专业期刊《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》、《国际医学寄生虫病杂志》，编印《寄生虫病预防控制信息简报》。建立我所对外交流的信息平台，分别有 “中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所主页 ”、 “中国寄生虫种质资源网 ”、 “特色医学寄生虫种质资源网 ”、 “亚洲血吸虫病防治网 ”、 “卫生部血吸虫病专家咨询委员会网 ”、 “卫生部寄生虫病原与媒介生物学重点实验室网 ”、 “中国寄生虫学与寄生虫病杂志主页 ”。建立了图书馆电子借阅管理系统。

目前，与国际组织或国家专业机构协作的国际合作项目有8个，保持与WHO、UNICEF、FAO、亚洲疟疾培训网络、亚洲血吸虫病及重要蠕虫病网络、美国、澳大利亚、日本、英国、比利时、意大利、泰国、韩国、加拿大、法国、德国、丹麦、荷兰、新西兰等国际组织、国家的学术交流与合作。曾参与规划和组织实施寄生虫病控制与研究国际项目，如世界银行贷款中国血吸虫病防治项目、全球基金中国高疟区疟疾控制项目、中韩肠道寄生虫病控制项目等。自1996年开始，连续二轮获美国NIH资助 “热带医学研究中心 ”项目。

同时，本所设立医学寄生虫学硕士点、博士点以及博士后流动站，先后为我国培养了硕士以上学位的高层次的专业人才共计85名，在读29人。

1980年本所被确认为世界卫生组织疟疾、血吸虫病和丝虫病合作中心以来，与国内外专业机构合作与交流不断扩大，先后有6位专家任WHO寄生虫病、血吸虫病、疟疾专家咨询委员会委员；多位专家分别担任世界卫生组织热带病研究和培训特别规划署（WHO/TDR）改进抗疟药使用特别工作组成员；WHO被忽视热带病策略和技术咨询专家组成员；WHO/TDR热带病研究创新与知识应用网络顾问委员会成员。

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