医院设有门诊部、急救中心（重症监护科、急诊科）、耳鼻喉科、口腔科、眼科、新生儿科（NICU）、神经内科、消化科、内分泌科、血液内科、呼吸内科、肾病内科、风湿免疫科、新二病房、新四病房、骨科、泌尿整形外科、小儿心脏病治疗中心（心内科、心胸外科、重症监护室、心超室、介入导管室）、普外科（神经外科） 、新生儿外科、麻醉科（手术室）、小儿康复治疗中心、儿童保健科（卫生心理门诊）、中医科（皮肤科门诊）、感染门诊、检验科、放射科、功能检查科、病理科、输血科、器械科、药剂科、--室等。其中急救中心为首批国家临床重点建设学科，小儿普外科、小儿重症监护科、小儿神经内科、骨科、检验科(遗传)、呼吸内科是省卫生厅确定的江西省医学领先专业，肾病内科、小儿心脏病治疗中心是江西省医学领先专业建设学科，小儿康复治疗中心是省卫生厅批准的儿科防治技术中心。

江西省儿童医院创建于1955年6月1日，是一所集医疗、科研、教学、保健职能为一体的三级甲等、省级综合性儿童医院，是我省儿科医学人才培养、教学基地。医院座落在南昌市阳明路中段，占地面积35200平方米，东接车水马龙八一大道，南临鸟语花香百花洲，西眺江南名楼滕王阁，北望滔滔不息赣江潮。

五十余载风雨历程，经过几代儿院人的不懈努力，医院不断发展壮大，被政府确定为“三级甲等”医院、“爱婴医院”；先后被授予“全国卫生系统先进单位”、“第十届全国职工职业道德建设先进单位”、“全国厂务公开民主管理先进单位”、全国首批“百姓放心示范医院”、“全国医院文化管理先进单位”等荣誉称号。

医院注重临床与科研相结合，实施科教兴院发展战略，近6年来有46项科研成果分别达到国际先进、国内领先水平或先进水平；33项科研成果分别获得省、厅级科技成果奖。