农科教结合工作的开展及其产生的影响和作用，引起了**、国务院的高度重视。1992年1月，经国务院批准，国务院办公厅、国务院研究室召开了全国农科教结合座谈会，国务院副总理田纪云，国务委员李铁映、宋健、陈俊生等领导__作了重要讲话。随后，国务院下发了《关于积极实行农科教结合，推动农村经济发展的通知》，对农科教结合的内涵、实施农科教结合的必要性、当前的重要任务以及如何实施农科教结合等一系列问题作了完整系统的阐述和规定。从此，农科教结合在全国广泛开展。为了加强对全国农科教结合的宏观指导，1994年2月16日，李岚清副总理召集有关部门领导__专门研究农科教结合工作，进一步提出把农科教结合作为极为重要的方针和发展农村经济的一个关键措施来抓，并决定将原五部委（行）组成的 “全国农科教统筹与协调指导小组 ”更名为 “全国农科教结合协调领导小组 ”，由农业部、国家科委、国家教委、国家计委、财政部、人事部、林业部、中国农业银行、国务院扶贫办等九单位组成（后增补水利部为领导小组成员单位）。1995年10月，经国务院同意，全国农科教结合协调领导小组在北京召开 “全国农科教结合工作经验交流会 ”，李岚清副总理作了重要讲话；翌年12月，全国农科教结合协调领导小组又在福建省三明市召开 “全国农科教结合示范区现场经验交流会，李岚清副总理给大会发了贺信。这两次会议分析了全国农科教结合工作的形势，总结了我国农科教结合的经验，明确了在社会主义市场经济条件下推行农科教结合的领导思想和发展方针，部署了 ”九五 “时期的农科教结合工作，有力地促进了全国农科教结合工作蓬勃发展。在这一阶段，农科教结合的地位和作用得到充分肯定，实行农科教结合已作为科教兴农的一条根本性战略措施来要求，国家加强了对农科教结合工作的宏观指导，三结合的形式上升到宏观政府行为和微观市场行为有机结合的方式，呈现出多部门结合、多形式展开、全方位推进、深层次发展的基本格局。

在安徽省蒙城县、休宁县进行农科教统筹结合探索的时候，全国还有一批地区也开展着同样的实践活动。但在当时，可以说也还是一种局部的、分散的、简单自发的行为。它首先在农村教育体制改革中产生，由教育部门与农业、科技部门联合兴办农村职业技术教育和__教育，进而扩展到农、科、教三者联合进行科技开发和经济开发。这时的农科教结合，着重点在于三大系统内部各自解决自身的统筹问题（如教育系统内部重点解决普通教育、职业技术教育、__教育的 “三教统筹 ”；科技系统着重解决基础研究、应用研究和开发研究的 “三研结合 ”；农业系统内部则重点解决农业科研、农村教育、农技推广的 “三农结合 ”），三大系统之间的协作，也多局限于农业与科技或农业与教育的结合。