鼓楼医院科室设置齐全，技术力量雄厚。外科学是国家重点学科共建单位，骨科、产科、消化科、内分泌科、普通外科和护理专业是国家临床重点专科，肝胆外科、骨科是江苏省临床医学中心，产科学、风湿免疫病学、肿瘤内科学、心胸外科学、代谢病学、麻醉学为江苏省“科技兴卫工程”重点学科。脊柱畸形矫治、肝移植、异基因间充质干细胞移植、--医学、亲体肾移植、消化系统疾病的内镜诊断和介入技术、三维适形调强放疗等技术处于国际或国内领先水平。普外科、妇产科、骨科、呼吸内科、免疫科、麻醉科、泌尿外科、肝胆外科、消化内科、内分泌科、血液科、心胸外科、心血管内科、肿瘤科、整形烧伤科、医学检验科、神经内科、急诊医学科、重症医学科、神经外科、耳鼻咽喉科为江苏省临床重点专科，血管外科、感染科、病理科、药剂科、肾内科、放射科、老年医学科、核医学科、疼痛科、中医科为南京市医学重点专科。2006年医院被国家人事部批准设立“博士后科研流动工作站”，目前医院有一级临床医学博士学位授予点2个，二级学科博士学位授予点16个，硕士学位授予点25个，医院被卫生部批准为专科医师、临床药师和心血管介入诊疗技术（心律失常介入）培训基地。江苏省医院感染管理、骨科、妇产科、泌尿外科、消化科5个医疗质量控制中心及江苏省脑血管疾病、围产期疾病、消化内镜、骨关节疾病、大血管疾病、代谢性疾病和风湿免疫性疾病8个江苏省省级专科（病）诊疗中心均落户在鼓楼医院。医院是国家卫生部开展临床路径、优质护理服务示范工程重点联系单位之一。

南京市鼓楼医院，又名南京大学医学院附属鼓楼医院，是一所集医疗、教学、科研为一体的综合性大型三级甲等医院。前身是1892年由美国基督会资助的加拿大籍传教士威廉?爱德华?麦克林医学博士（William E. Macklin，中文译音“马林”）创建的一所“基督医院”，马林任首任院长，民间又称“马林医院”。

近些年来，鼓楼医院在传承百年历史文化的同时，实施科学管理、打造医院文化品牌，建成了国内以实物为主的第一个医院历史纪念馆，该馆被定为“南京市爱国主义教育基地”、“南京市对外文化交流基地”。医院不断改革创新，组建了国内第一个医院集团，放大优质医疗资源，参与收购宿迁市人民医院。医院提出了建设国内最好的人文医院愿景，在医院内部形成良好的理解人、尊重人、满足人、发展人的人文环境，激发员工的人文道德关爱，以解除患者痛苦为最高服务宗旨。医院被中央文明委表彰为“全国创建文明行业工作先进集体”、江苏省、南京市“文明单位”；被国家卫生部授予“全国卫生系统先进单位”、“全国医院文化工作先进单位”、“全国2005-2007医院管理年活动先进单位”、“医院改革创新奖”等称号。

2004年，南京市委市政府决定向南扩建鼓楼医院，并将其作为南京市发展社会公共事业的重点项目和民生工程，这是一座集门诊、急诊、住院病房和医技检查功能为一体、建筑面积22.4万平方米，充分体现“以人为本”理念，彰显文化、环保、生态、节能等元素的超大型智能化、现代化医疗综合大楼。工程于2007年7月全面动工，2009年7月4日大楼结构封顶，2012年12月15日正式投入使用，日门诊量可容纳1.5万人次，病床达到3000张，将大大改善老百姓的就医环境和诊疗条件。