目前，学校设有基础医学院、公共卫生学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、鼓楼临床医学院、无锡临床医学院、青岛临床医学院、上海十院临床医学院、口腔医学院、药学院、护理学院、医政学院、外国语学院、国际教育学院、继续教育学院和高等职业技术学院等17个学院和１个独立学院——康达学院。在江苏、上海、浙江、山东等地拥有21所附属医院和40多所教学医院。

南京医科大学是江苏省属重点高校。学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院，是国内最早开展研究生教育的高等学府之一。1957年，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。

学校现有1个省部共建国家重点实验室培育基地、4个部级重点实验室、9个省级重点实验室（工程研究中心）。进入“十一五”以来，学校的科研水平快速攀升，承担了多项国家“863”、“973”项目，获得国家自然科学基金项目不断实现新突破，发表的SCI论文数量及论文影响因子迅猛增长。2009年，我校获得104项国家自然科学基金项目，项目数首次突破百项，科研总经费也突破亿元大关。全校发表“SCI”论文350多篇，再创历史新高。两次被评为“江苏省科技工作先进高校”。

学校现有在职教职工1500多人。有在职专任教师674人，有教授117人、副教授175人，有博士生导师185人、硕士生导师812人（含附属医院等）。学校拥有一批优秀的中青年骨干教师入选各类人才支持计划，有多人被评为国家教学名师或各级优秀教师，有“长江学者”特聘教授1名、国家杰出青年科学基金获得者3名，有“国家级教学团队”2个，教育部“创新团队”1个。学校是国家卫生部认可的全国进修基地和教育部批准接受留学生学习的高校之一，是江苏省高层次人才培养计划——“333工程”培训基地。2006年和2008年，学校两度被评为“江苏省师资队伍建设先进高校”。

七十五年来，南京医科大学秉承“博学至精，明德至善”的校训精神，始终坚持“医学与人文融通、教学与科研并重、基础与应用结合”的办学理念，为国家培养了一批又一批医学人才，他们分布在全国各地的医院、疾病控制中心、医学研究机构和卫生行政部门，许多毕业生已成为国内外著名医学专家和学者，为我国医学教育和卫生事业的发展做出了重要贡献！

近年来，南京医科大学开展了广泛的对外交流活动，积极与国内外的高等院校建立形式多样的联系与合作。学校与美国、澳大利亚、日本、法国等国家的医学院校或科研机构建立了双边合作、学术交流关系，并聘请了一批知名专家、学者担任学校名誉教授、客座教授。同时，学校还定期派遣教师出国交流访问、留学进修。学校于2002年恢复招收留学生和港澳台学生，现有在校留学生和港澳台学生500多人。