学校现设有经济学院，财政与税务学院，金融学院，国际经贸学院，会计学院，工商管理学院，营销与物流管理学院，公共管理学院，管理科学与工程学院，法学院，食品科学与工程学院，信息工程学院，应用数学学院，外国语学院，新闻学院，艺术设计学院，马克思主义学院，体育部等18个教学学院（部），1个民办本科学院红山学院。共设有应用经济学，统计学，理论经济学，法学，马克思主义理论，外国语言文学，数学，计算机科学与技术，食品科学与工程，管理科学与工程，工商管理，统计学等硕士学位授权一级学科12个，硕士学位授权二级学科58个，工商管理（MBA），金融，应用统计，保险，资产评估，会计等硕士专业学位授权点6个，本科专业38个，基本形成了经济学类，管理学类学科齐全，法学，工学，文学，理学类专业相互依托，支撑配套的学科专业布局，在林立的江苏高校中拥有明显的结构优势历经多年改革建设，依托新的发展机制，南京财经大学的知名度迅速扩大，社会影响力逐步提升，办学实力明显增强，整体面貌焕然一新，实现了超常规，跨越式发展