学校拥有一批国家级重点学科、省部级重点学科、国家级特色专业以及江苏省品牌专业和特色专业，48个本科专业覆盖理、工、管、文、经、法、农、艺八大学科门类，硕博点基本涵盖本科专业。大气科学、环境科学与工程、传感网与现代气象装备等学科获江苏高校优势学科建设工程项目立项。气象学科综合水平位居全国前列，在国际上有较大影响。近年来，学校形成以大气科学为核心，以信息科学与技术、环境科学与工程为重点，多学科协调发展的学科体系。

学校现有全日制在校本科生3万余人；专任教师千余人，其中近70%具有高级职称或博士学位。现有大气科学学院、应用气象学院、遥感学院、大气物理学院、水文气象学院、海洋科学学院、信息与控制学院、电子与信息工程学院、环境科学与工程学院、计算机与软件学院、数学与统计学院、物理与光电工程学院、公共管理学院、经济管理学院、语言文化学院、传媒与艺术学院、继续教育学院、职业技术学院、滨江学院、国际教育学院、大学体育部等21个院（部），拥有气象灾害省部共建教育部重点实验室、中国气象局大气物理与大气环境重点开放实验室、中国制造业发展研究院、气候变化与公共政策研究院等20余个省部级科研机构。

今日的南京信息工程大学坚持 “开放发展，联合发展 ”理念，大力实施人才强校战略，坚持改革创新、特色发展，大力推动学科建设、师资队伍建设、人才培养、科学研究、国际合作，努力提升科技创新能力和人才培养质量，积极主动服务中国气象事业和江苏经济社会发展，争先进位，为建设一流特色重点大学而努力奋斗。