水利部党校校务委员会为党校的领导机构，负责研究解决党校办学中的重大问题。水利部党校校务委员会主任由分管的副部长（直属机关党委__）兼任，副主任由人事劳动教育司司长和直属机关党委常务副__担任，校务委员会成员由办公厅、规划计划司、财务经济司、中国水利水电科学研究院和部人才资源开发中心主要负责__组成。水利部党校校务委员会主任兼任党校校长，校务委员会副主任兼任党校副校长。水利部党校办公室负责党校日常工作，由直属机关党委管理。党校办公室设在部人才资源开发中心。

2000年国家教育体制改革以后，由于原属我部的党校依托办学单位——北京水利水电管理干部学院划归北京市管理，水利部党校也暂停办学。2005年，水利部党组决定在中国水利水电科学研究院大兴科研基地恢复党校办学。在各筹备单位的共同努力下，水利部党校恢复办学暨2005年秋季党员领导干部进修班开学典礼于10月10日正式举行。水利部党组成员、副部长、党校校长周英__和中央党校国家机关分校副校长侯建中__出席开学典礼，并为党校恢复办学揭牌。在2005年秋季党员领导干部进修班期间，水利部党组__、部长汪恕诚等领导亲自到党校为学员讲课。

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