学校首任校长是陈难先先生，继任者为乔树德、王庭尧、曹衍清先生，现任校长刘根平先生是教育学硕士、在读博士、南山区教育局调研员、育才教育集团总校校长。

育才中学原为一所全日制完全中学，于1983年由招商局蛇口工业区创办，诞生于深圳特区改革开放之初，地处与香港隔海相望的蛇口半岛。2000年，由工业区移交政府，归南山区教育局直接管理。2001年，初中部从学校分出，育才中学成为一所公办独立高中。2003年4月，蛇口育才教育集团成立，育才中学成为集团内部七所中小学里唯一的高中，以育才教育集团为依托，进入了一个快速良性的发展阶段。

现在，又提出 “构建和谐校园，促进和谐发展 ”的发展新思路，把 “和谐 ”作为教育追求的更高境界，人的发展的更高目标，它包括了学校管理中刚性与柔性、强制与自主的和谐；人际关系的和谐；师生个体发展中心理与生理、品德与学识、人文素养与科学精神、当前成绩与可持续发展等方面的和谐，等等。以新的理念深化学校的各项改革。在育人目标上提出 “新三好 ”，即所培养的学生 “在学校是个好学生，在单位是个好员工，在社会上是个好公民 ”。 “不求人人成为精英，但求人人走向成功。 ”育才的教育，就是致力于促进学生健康可持续的发展，促进学生多元而有个性的发展，促进学生全面和谐的发展。

育才中学在建校初期就确立了 “育人为本 ”的理念，反对片面追求升学率，建立了新型的人才教育模式；在管理上提出了 “德治为本 ”的理念。

积极推进特长教育，2002年，实施 “双特 ”工程，开出100多门拓展课，以 “课程超市 ”形式让学生自主选课。得天独厚的 “小班化 ”教学和拓展性课程，以及开设理科竞赛班、英语特长班等实验，使教师能够根据学生实际进行分层教学，根据学生的兴趣特长加以重点培养。学科特色明显，外语、青春读书课、心理健康教育、游泳、排球等均是育才的优势特色课程。

育才中学是较早进行素质教育实践的学校之一。学校独特的地理位置、与特区共同成长的历史，孕育了品位高雅的校园文化。2006年学校主编的《高中课程改革的足迹》是国内出版的第一部有关高中课改的实践论文集，校园活动丰富多彩，学生社团蓬勃发展，打造了 “花季雨季 ”、 “春韵 ”等全国知名的校园文化品牌。学子郁秀创作的小说《花季雨季》获得国家 “五个一 ”工程奖，同名电影在育才拍摄；春韵文学社是全国示范性校园社团，春韵网站被评为全国优秀特色网站；英语剧社参加深圳市 “深图杯 ”中学生英语短剧比赛获得 “四连冠 ”佳绩；学生足球队代表中国参加了2005年亚州中学生足球赛。

在蛇口工业区领导以及各级政府和教育行政部门的关心和指导下，育才中学全面推进素质教育，努力创建特色学校，创造了辉煌的业绩，为特区教育发展做出了较大的贡献。1993年，被市区教育督导部门评估为办学条件与办学水平双优学校，成为深圳市仅有的三个市重点学校之一。1994年12月，成为深圳市最早的省一级学校之一。2001年，获得深圳市颁发的办学效益奖。2004年，被评为深圳市优秀学校。育才中学赢得了较高的社会评价，成为深圳教育的一个知名品牌。2006年11月，学校以高分顺利通过广东省国家级示范性普通高级中学的初期督导验收。