学校设有农学院、经济学院、药物学院、法学院、艺术与哲学学院、外科与内科学院、兽医学院、心理学院、教育学院、数理物理与自然科学学院、__学院、统计学院、工程学院13个学院，65个系、3个研究所、25个研究中心。

1592年到1610年，伽利略在此从事科学研究，给学校带来浓厚的学术氛围。这里还是世界上第一位女博士的诞生地。该校最初开设的是法学和神学课程，后来又增加了医学、哲学、天文学、文法和修辞学。该校最初是作为学生的自由团体建立的，由学生自己管理。学生们自己起草了校规，自己推选校长和选择老师，由学生决定老师的工资。十五世纪到十六世纪当地政权逐渐从学生手中取得学校的管理权。直到十八世纪，帕多瓦大学由威尼斯共和国接管，才有了很大发展，其名望盛极一时。帕多瓦大学的进步的哲学思想、解剖学院和医学院以及伽利略执教的十八年间（1592  --  1610）的天文学、物理学和数学等学科的发展为科学革命做出了巨大贡献。

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