获得国际权威机构 SGS 颁发的环境管理体系 ISO14000 和职业安全与健康管理体系 OHSAS18000 的认证，在医药行业内率先实现了“三认证”。公司生产功能达到 26 种剂型，拥有马应龙麝香痔疮膏、麝香痔疮栓、龙珠软膏等独家药品超过 20 个品种，可供生产的国药准字号药品近 300 种，生产设施和生产能力均位居国内领先水平。公司被评定为省级高新技术企业，研发中心被省市两级授予“企业技术中心”荣誉称号，与北京大学药学院、中国药科大学等多家科研机构建立了长期的战略合作关系，经国家人事部核准与北京大学共同组建了博士后工作站，药品研发的技术实力和整合能力稳步提高。公司建立了较为完善的营销管理体系和覆盖全国的营销网络平台，与国内医药流通领域位居前列的 300 多家企业均建立了长期合作关系，产品远销东南亚及欧美大陆。

多年来，公司以品牌经营战略为主导战略，推行产品经营与资本经营相结合的发展思路，各项主要经营指标分别实现了 10 — 100 倍的大幅增长。在世界品牌实验室、世界经理人周刊联合评估的 2006 年度“中国最具价值品牌 500 强”排行榜中，马应龙名列第 220 位，品牌价值达到了 28.13 亿元。根据国家药监局南方医药经济研究所统计数据，马应龙在痔疮药品零售市场的份额达到 40% ，成为治痔领域的第一品牌。 2005 年底，马应龙在人民日报、中国企业文化促进会、中国质量与品牌杂志社等六家公共传媒的联合评选中荣获“中国痔疮药物最具影响力品牌”。 2006 年 6 月 1 日，马应龙荣获国家工商总局认定的“中国驰名商标”，成为中国治痔领域唯一的“中国驰名商标”。

马应龙及旗下子公司分别通过了国家药监局 GMP 、 GSP 质量管理规范体系认证