1989年6月正式挂牌成立，同年开始接受本科生。1999年6月，学校通过了国家教育部组织的本科教学工作合格评估。2002年开始招收留学生。2004年，学校接收了原太原铁路中心医院和太原铁路结核病医院，并改建为山西中医学院中西医结合医院。2007年4月,学校以“良好”的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。2008年2月，学校获得了硕士单位授予权，2009年开始招收硕士研究生。学校现已成为山西省中医药教育、科研、医疗的中心。

建校以来，学校的办学实力不断积累壮大，机构设置日趋合理。学校占地面积174698.46m2，建筑面积137996.40m2。现有固定资产总值1.78亿元，其中教学科研仪器设备总值3656万元。图书馆建筑面积为16200 m2，馆藏纸质图书43万册、电子图书近32万册，是山西省中医药信息中心、山西省高等院校图书馆自动化建设乙级馆。校本部设有中医系、针灸推拿系、中药系、护理系、中西医结合临床医学系、基础部、社科部、体育部、计算机教学与网络管理中心、国际教育中心、实验管理中心、成人教育学院等教学单位，有60个教研室，17个教学实验室，4个科研实验室，1个科研实验中心。另有一所办学体制相对独立的专科层次二级学院山西中医学院推拿职业技术学院。

学校以中医药专业为主体，专业建设与学科建设同步发展。现设有中医学、针灸推拿学、中药学、中西医临床医学、护理学5个专业和中医学医学英语、中医学医药信息管理、针灸推拿学英语、中药学中药分析4个专业方向。其中，中医学专业为国家级第一类特色专业建设点，中医学、针灸推拿学、中药学3个专业为省级品牌专业；中医临床基础、针灸推拿学、中医医史文献3个学科为硕士学位授权点；中医文献学、方剂学、针灸学、中西医结合临床、中医肾病学5个学科为国家级重点学科；中医基础理论、中西医结合基础、针灸推拿学、中医内科学4个学科为省重点扶持学科；中医内科学、中医基础理论、金匮要略3门课程为省级精品课程；针灸针法实验室、中药化学实验室为国家中医药管理局中医药科研实验室（三级），中医临床基础实验室、中医药基因表达调节技术实验室为国家中医药管理局中医药科研实验室（二级），中医学基础实验室为省医学重点实验室，中药化学实验室、针灸学实验室为省级基础课示范实验室。

学校实施人才强校战略，师资队伍健康成长。现有专任教师316人，其中正高职称50人，副高职称97人，高级职称占教师总数的46.52%；硕士以上学位202人，占教师总数的63.92%。有4人享受国务院特殊津贴，8人荣获“山西省教学名师”称号。现有硕士生导师97人，8人被兄弟院校聘为博士生导师。34人担任新世纪全国高等中医药专业规划教材的主编、编委；14人担任全国普通高等教育中医药类精编教材的编委等。

学校坚持本科教学的中心地位，稳步推进办学规模。从1986年开始招收第一批中医专业本科生以来，共为社会培养本科毕业生5300余人，许多人已成为所在单位的业务技术骨干，应届本科毕业生考研率连续多年名列全省前茅。现有普通全日制在校博士研究生17人，硕士研究生59人，本科生4331人，留学生3人，高职（专科）学生2036人。

学校重视学术研究与技术创新，科研能力不断增强。近年来，出版各种学术著作250余部，发表学术论文1500余篇；共承担各类纵向科研项目210项，其中，国家“十一五”科技支撑计划项目2项，国家自然基金项目15项，国家科技部项目10项，国家中医药管理局项目10项，累计取得国家科研经费2200余万元；获得国家发明专利12项，获得国家和省部级科研成果奖励18项。2007年，学校分别被国家科技部和国家中医药管理局批准授予“国际科技合作基地”、“中医药国际合作基地”建设单位。学校还自筹经费相继实施“前锋”“攀登”两大科技计划，鼓励科技创新，活跃学术氛围，推动科研工作的持续发展。

学校重视学生实践能力的培养，不断加强实践教学基地建设。现有3所直属附属医院，11所非直属附属医院，另有教学医院7所，实习医院6所，中药专业生产实习基地12个，满足了不同专业实践教学的需要。

建校以来，山西中医学院恪守“求真”校训，秉承“职责、规范、严谨、效率”教风和“诚信、精进”学风，坚持“艰且益坚、持重笃行”校风，走出了一条超越常规的办学之路。当前，全校上下正以科学发展观为指导，同心同德，奋力拼搏，与时俱进，开拓创新，进一步改善办学条件，不断加强学科建设，全面提升综合实力，为创建具有较高水平和鲜明特色的中医药大学而努力奋斗。

山西中医学院是一所年轻的高等中医药院校。学校于1982年由国务院批准筹建。1986年学校接收原山西医学院中医大学班