医院设有分院1个(深圳市中西医结合医院)，临床医技科室55个和实验室（研究所）9个，其中国家级临床重点学科1个（骨科），国家中医药管理局重点实验室2个（蛋白质组学，舌诊原理与应用），省重点专科3个（血液，中医，中西医结合），深圳市医学重点学科，优势重点学科（群）10个（神经学科群，骨科运动医学科群，泌尿外科学科群，口腔科学科群，血液内科，肾病学，烧伤整形科，甲乳外科，康复医学科，临床护理），市重点实验室5个（组织工程重点实验室，肿瘤基因组临床应用工程实验室，重大疾病体外诊断公共技术服务平台，泌尿生殖系统肿瘤重点实验室，肿瘤免疫基因治疗临床应用工程实验室），研究所4个(血研所，中西医结合研究所，深大糖尿病基础与临床医疗网站，深圳市第二人民医院，www.szrch.com，医院现有员工2430多人，其中正高190人，副高307人，博士（后）105人，硕士256人，留学归国人员26人，国家级领军人才2人，享受国务院政府特殊津贴专家6人。医院开放病床1259张，扩建新大楼后医院病床数可达2000张，有医疗和科研设备价值近4。0亿元