1953年，考虑到沿海复杂的军事斗争，中央人民政府政务院决定将交通部管理的海上航标移交海军司令部，由海道测量局接管，内河港湾的航标仍由政府交通部门负责，分别从属于交通部内河航运管理总局和海运管理总局。交通部撤销海务处及各地区海务办事处，除上海区海务办事处由海军海道测量局接管外，其他海务办事处由所在军区海军接管。随后，海军海道测量局扩编为海道测量部，作为全国海上航标的主管机构，后又于1958年改为航海保证部，并在北海、东海、南海舰队司令部设航海保证处，分区、分段管理沿海航标。

1949年建国前，航标主要由旧海关管理。

1983年，交通部自海军接标后，天津、上海、广州航道局所属各航标测量处，按照北方海区、东海海区、南海海区分别负责海上干线公用航标和交通部直属港口公用航标的规划建设和维护管理工作。

1980年，经国务院、中央军委批准，由海军管理的沿海干线公用航标，除少数位于海防前哨和军事设施地区者外，全部划归交通部管理。航标移交工作于1983年3月结束，从此，中国海区航标的管理格局为：海军主要负责军港和以__为主军商合用港的航标；交通部主要负责海上公用航标、商港和以商用为主的军商合用港的航标；渔港、渔场等渔业专用航标则由渔业部门负责。

截至2009年底，直属海事系统管理的航标共计5775座，其中灯塔183座、灯桩1611座、导标303座、灯浮标和灯船2944座、RBN/DGPS台站21座、VTS中心28个、雷达站91座、AIS岸台94座。