自主创新是企业发展的引擎，是企业的核心竞争力，海普瑞每年投入的研发费用已超过销售收入的8%，居国内制药行业领先水平。海普瑞确立了长期跟踪国际一流水平，以市场为导向，盯住重磅炸弹级专利药（5亿美元以上的销售额），走仿制为主、仿制与创新结合的技术开发路线。海普瑞的研发中心，以自主知识产权和产业化为目标，专门从事动植物多糖等生物活性物质的研究和新产品开发，目前重点从事肝素衍生产品的开发,已有多个产品进入产业化实施阶段。

海普瑞秉承“科学、实证、勤勉”的经营哲学，依托国内丰富的原料资源，以自主创新为核心竞争力，使海普瑞成为国际领先的肝素及其下游高端衍生产品生产出口企业。海普瑞以挑战发达国家药政和技术壁垒、冲破下游高端产品围墙为使命，积极参与国际医药市场的竞争与合作，取得制定相关产品国际市场价格的话语权，使我国具有资源优势的产业真正体现出应有的价值。

海普瑞认为质量是企业产品的生命线,是公司赖以生存的基础,为此建立了严格的质量预防和保证体系。海普瑞的生产设备和生产过程严格遵循美国FDA的cGMP规范，产品质量执行现行欧洲药典和美国标准。2005年4月，以优异的成绩通过了FDA检查团的现场检查，2005年7月20取得FDA药品独立注册批件，在所有中国制药企业中成为首家取得FDA的“NDA”（New drug application，即新药注册）药品独立注册的企业。这表明海普瑞已经与国际最高水平的药政管理接轨，跨过了药品贸易最严格的行政和技术壁垒，取得了进军国际最大医药市场的通行证,并使产品的市场规模及品附加值得到成倍的提高。目前，公司肝素产品已在30余个国家和地区完成了注册。　　海普瑞先后承担了国家生物高技术产业化示范工程项目、国家火炬计划项目、国家重点技术创新项目等国家级科技项目，为我国肝素产业的技术进步、产业升级、出口创汇能力的提高做出了重大贡献，并先后取得“国家技术创新优秀新产品奖”、“深圳市优秀民营企业”、“深圳市优强中小企业”、“深圳市纳税大户”、“深圳市民营领军骨干企业”等荣誉，成为国家和深圳市的重点高新技术企业